Az 1938-1944 közti jogfosztó törvények áradata és a zsidók tömeges anyagi ellehetetlenítése ellenére a revíziók következtében 825 ezer fősre duzzadt magyar zsidóság egészét a háború utolsó évéig nem fenyegette a megsemmisülés veszélye. Ebben az időszakban a közösség mégis több tízezres emberveszteséget szenvedett. 1941-ben a belügyi hatóságok mintegy 20 ezer zsidót deportáltak az egykori Szovjetunió megszállt területeire, ahol többségüket SS-alakulatok lőtték tömegsírokba. 1942 januárjában az újonnan visszacsatolt Délvidéken magyar katonai és csendőri alakulatok partizánvadász akció ürügyén tömegesen mészároltak le szerbeket és zsidókat. Miután az ország belépett a Szovjetunió elleni háborúba, a megbízhatatlannak tartott a zsidó férfiakat fegyvertelen munkaszolgálatra kötelezték. Sokan az őrök kegyetlenkedésének estek áldozatul, a fronton tízezrek fagytak meg, haltak éhen, vagy kerültek hadifogságba.
1944. március 19-én a német csapatok megszállták Magyarországot. Horthy Miklós államfő a nácikat maximálisan kiszolgáló Sztójay Dömét nevezte ki miniszterelnöknek. A következő hetekben a magyar hatóságok a zsidókat megfosztották jogaiktól, vagyonuktól, majd gettókba és gyűjtőtáborokba zárták őket. Május 15. és július 9. között a holokauszt történetében rekordgyorsasággal deportálták a teljes vidéki zsidóságot. A 437 ezer elhurcolt nagy részét Auschwitz-Birkenauba szállították, ahol zömüket néhány órán belül meggyilkolták a gázkamrákban, míg a munkaképeseket rabszolgaként dolgoztatták. Júliusban azonban Horthy az amerikai, svéd, vatikáni és egyéb tiltakozások hatására végre leállította az akciót.
Október közepén a megszálló németek megbuktatták a szövetségesekkel titokban fegyverszünetet kötő kormányzót. A puccs révén Szálasi Ferenc Nyilaskeresztes Pártját juttatták hatalomra. Novembertől budapesti zsidók és munkaszolgálatosok tízezreit deportálták halálmenetekben Németországba. Decemberben megszervezték a budapesti gettókat, amelyek lakóit végül az országot megszálló Vörös Hadsereg szabadította fel.
1945-ben az új törvényhozás elítélte és hatályon kívül helyezte a zsidótörvényeket, valamint kimondta a zsidóság kötelező, egyéni és kollektív kárpótlását. Az 1948-49-re megszilárduló kommunista diktatúra ezeket a jogszabályokat nem tartotta be. A pártállam a társadalom egészéhez hasonlóan természetesen a zsidókat is elnyomta. A kommunisták anticionista, Izrael-ellenes politikájában megbúvó antiszemitizmus Magyarországon is megjelent. A Szovjetuniót másolva 1953-ban (az egyébként szintén zsidó származású) Rákosi Mátyás nagyszabású anticionista pereket készített elő, de Sztálin halála miatt végül ezekre nem került sor. A magyarországi sztálinizmus az 1956-os forradalommal ért véget.
Az újrakezdés dilemmái
A holokausztnak 1941 és 1945 között körülbelül félmillió magyar zsidó áldozata volt. A magyar és német nácik a hazai zsidóság mintegy kétharmadát kiirtották. A trianoni Magyarország területét tekintve vidéken a pusztulás 78, a fővárosban 52 százalékos volt. A neológ hitközségek száma a trianoni területen 219-ről 102-re, az ortodoxoké 436-ról 146-ra, a status quo-jellegűeké 54-ről 15-re csökkent, azaz a közösségek mindössze 37 százaléka volt képes újjászervezni magát. A túlélők a demográfiai reprodukció, azaz a közösség újjászületése szempontjából is igen rossz helyzetben voltak: a nemek aránya felborult (a nők javára), a korpiramis eltorzult (a 20 év alatti korosztály lényegében eltűnt: Budapesten a gyerekek és fiatalok fele, vidéken 87 százaléka veszett oda), rengeteg volt az özvegy és az árva, a tradicionális nagycsaládi keretek szétroncsolódtak.
1946 tavaszán 200 és 250 ezer között volt a deportálásból hazatért vagy az országban felszabadult zsidók összlétszáma az akkori ország területén.(Ebben tehát nincsen benne az 1938 és 1941 között Magyarországhoz csatolt területekről elhurcolt túlélők túlnyomó többsége.) A megmaradtak hamar szembesültek az újjáéledő antiszemitizmussal, amely gyakran tettlegességbe, pogromokba torkollott. Az atrocitásoknak a hagyományos előítéletek mellett sokszor egzisztenciális okai voltak. A hazatérők vissza akarták kapni elrabolt vagyonuk legalább egy részét, ez azonban jelentős feszültséget okozott, mert sokan nem kívánták visszaadni a deportálások következtében szerzett zsidó javakat. A társadalmi klímát tovább súlyosbította, hogy a magyar gazdaság soha nem látott válságba került: 1946-ban, amikor a legtöbb antiszemita megmozdulás történt, Magyarországot a világtörténelem legnagyobb inflációja sújtotta. Az ország nyomorgott, és az ebből fakadó indulat a régi sémáknak megfelelően gyakran a zsidókban kereste és találta meg a bajok okozóját.
A holokauszt traumatikus élményei, az újra fellángoló zsidógyűlölet és a romokban heverő ország kilátástalan gazdasági helyzete sok túlélőt arra ösztönzött, hogy megfontolja a kivándorlást. Ahogy 1946 februárjában egy hitközségi vezető fogalmazott: „a zsidóság döntő többsége a kivándorlás mellett fog dönteni, ha nem politikai, akkor lelki okok miatt. A fiatalok nem akarnak a halottak árnyékában élni.” 1945 és 1955 között körülbelül 40 ezer zsidó emigrált Magyarországról, azaz a túlélő populáció mintegy 16-20 százaléka. (Bizonytalan számú túlélő deportált a felszabadulás után anélkül választott új hazát, hogy a régibe visszatért volna.) Bár ez nem a túlélők „döntő többsége”, de releváns hányada. A magyar zsidó emigráció háború utáni volumene különösen annak fényében jelentős, hogy 1945 és 1955 között összesen mintegy 150 ezer ember hagyta el a véglegesség igényével az országot. Tehát a lakosság 2-2,5 százalékát adó zsidóság alkotta az emigráns populáció több mint negyedét.
A kivándorlók döntő többsége 1945 és 1949, tehát a felszabadulás és a kommunista diktatúra teljes kiépülése között hagyta el az országot. Mintegy 17 ezer ember Palesztinába (1948-tól: Izrael), 12-14 ezer pedig Észak-Amerikába (USA és Kanada) ment. Körülbelül 5 ezren Nyugat- és Dél-Európába, valamint Skandináviába települtek. 1500 magyar zsidó Latin-Amerikát választotta új hazájául, körülbelül ezer ember pedig Ausztráliába vándorolt ki.
Palesztina/Izrael
A domináns céltérségek ismét Észak-Amerika (USA és Kanada), valamint Palesztina/Izrael voltak. A magyar zsidó emigráció történetében először a fő irányt a közel-keleti kivándorlás jelentette. Erőre kapott és releváns politikai-közéleti tényező lett a cionizmus, amely főleg a fiatalok körében talált követőkre. Sok túlélő vélte úgy, hogy a népirtásra az egyetlen releváns válasz a zsidó nemzeti eszme és egy zsidó haza felépítése az akkor brit fennhatóság alatt álló Palesztinában. A cionista szervezetek taglétszáma 1946 tavaszára már elérte a 26 ezer főt, azaz a teljes megmaradt zsidóság mintegy 10 százalékát. 1947 elejéig körülbelül 30 ezer ember regisztrálta palesztinai kivándorlási szándékát. A brit kormány ugyanakkor szoros zár alatt tartotta a térséget, és nem engedett be Palesztinába nagyobb zsidó csoportokat. Az oda tartó hajók nagy részét elfogták és az utasokat ciprusi táborokba zárták. Izrael állam 1948 májusi megalakulásával a brit uralom megszűnt, a bevándorlási akadályok pedig elhárultak. Ezzel párhuzamosan viszont jelentősen beszűkültek a magyarországi kivándorlási lehetőségek: a kommunista diktatúra lényegében megtiltotta, hogy bárki elhagyja az országot. Az izraeli kormány hosszas tárgyalások után 1949 végére elérte, hogy mintegy 3000 ember kivándorlási engedélyt kapjon. A kiutazások ugyanakkor nagyon vontatottan haladtak. Az utolsó kontingens (197 fő) csak 1953 novemberében távozott. 1945 és 1955 között mintegy 17 ezer magyar zsidó emigrált Izraelbe.
USA és Kanada
Észak-Amerikába (és részben Palesztinába is) az út hontalan-táborokon (displaced persons camp – DP camps) át vezetett. Ezek olyan létesítmények voltak, amelyeket a győztes nyugati hatalmak hoztak létre a háború után, hogy a hazájuktól távol lévő menekülteket, egykori deportáltakat, kényszermunkásokat, kitelepítetteket, elűzötteket elszállásolják és ellássák. Szerte Európában legalább 40 millió embert sodort otthonától távol a háború, csak a megszállt Németországban 11 millióan voltak. A koncentrációs táborok zsidó túlélőinek nagy része is DP táborokba került. A körülbelül 200 ezer túlélő zöme1945 nyara-őszére hazatért, a zsidó DP-k ekkor mintegy 50 ezren voltak. A következő időszakban számuk drasztikusan megnőtt és 1947 szeptemberére már csaknem 250 ezerre rúgott. Sok magyarországi, lengyelországi, romániai stb. hazatérő nem találta a családját és szembesült az otthoni viszonyokkal, ezért ismét útra kelt és a DP táborokba került. Megérkeztek azok a kelet-európai zsidók is, akik 1939-1941-ben a Szovjetunióba menekültek és a háború után visszatértek egykori hazájukba. Nekik sem volt maradásuk és hamarosan továbbmentek Németország és Ausztria nyugati megszállt övezeteibe vagy Olaszországba.
A szövetségesek sokáig nem tartották számon a DP-k vallási/etnikai hovatartozását, csak az állampolgárságukat. Mivel Magyarország a náci Németország csatlósaként fejezte be a háborút, a magyar zsidók nagy része az “ellenséges nemzeti hovatartozású” (“enemy national”) kategóriába került. Ez jelentős hátrányokkal járt: rosszabb volt az ellátásuk és nehezebben is jutottak tovább a táborokból, mint a többiek. Ezért sok ember, akiket az 1938 és 1941 között Magyarországhoz csatolt területekről deportáltak a magyar hatóságok, inkább csehszlováknak vagy románnak mondta magát. Ezen felül minden zsidó DP-nek szembe kellett nézni azzal, hogy a szövetségesek kezdetben nem ismerték el őket üldözött csoportként, tehát gyakran egy menekülttáborban éltek korábbi üldözőikkel. Ez nemzetközi zsidó szervezetek nyomására 1946 elejére megváltozott az amerikai zónában. A zsidókat külön nemzetiségként ismerték el és 12 tisztán zsidó DP tábort hoztak létre, amelyeket a táborlakókból álló önkormányzatok irányítottak. Az amerikaiak javasolták Nagy-Britanniának, hogy a humanitárius helyzetre tekintettel azonnal engedjen be 100 ezer embert Palesztinába. London ezt elutasította.
Az első tisztán zsidó DP tábor a München melletti Feldafing volt, amelyet egy korábbi Hitlerjugend iskola területén rendeztek be. A táborlakók túlnyomó többsége magyar zsidó volt. A tábort Eisenhower tábornok, az amerikai megszállási zóna főparancsnoka, és David Ben-Gurion, a cionista mozgalom vezetője is meglátogatta.
Bár az amerikai kormányzat elismerte a holokauszt túlélők sajátos helyzetét, bevándorlási lehetőséget csak nagyon korlátozottan biztosított nekik. Truman elnök 1945-ben egy rendelettel (Truman Directive) ugyan lehetővé tette kb. 13 ezer zsidó DP bevándorlását, ez csak csepp volt a tengerben. Izrael megalakulása a zsidó DP-k nagy részét az új állam felé terelte, így az amerikai törvényhozás is megengedőbbé vált. Az 1948 nyarán a kongresszus által elfogadott ún „DP Act” lehetőséget adott mintegy 200 ezer (zsidó és nem zsidó) DP bevándorlására. A jogszabály azonban kedvezőtlen volt a zsidók számára, mert csak azokra a menekültekre vonatkozott, akik 1945. december 22-éig kapták meg a DP státuszt. Így azok a zsidók, köztük számos magyar is, akik 1946-47 során hagyták el hazájukat (miután 1945-ben visszatértek oda), nem kaptak bevándorlási lehetőséget. A törvény 1950-es módosítása azonban végül kiterjesztette a jogosultsági időszakot, megnyitva az USA kapuját több tízezer zsidó DP előtt. Köztük volt az 1945-1955 között Amerikába kivándorolt 10-12 ezer magyarországi zsidó nagy része is. Ebben az időszakban Kanadába körülbelül 2000 magyar zsidó érkezett.
A háború utáni amerikai magyar zsidó kivándorlás történetéhez tartozik a szatmári haszidok emigrációja is. (Mivel nagy részük nem az akkori Magyarországról emigrált, ezért a fenti 40 ezres becslésben ők nem szerepelnek.) Az erősen hagyományőrző zsidóság egyik ágát alkotó haszídok számos különálló csoportot alkottak Kelet- és Közép-Európában. A holokauszt során nagy részüket meggyilkolták. A túlélők a háború után Izraelbe vagy Észak-Amerikába vándoroltak. Az egyik legjelentősebb haszid mozgalom, az 1905-ben alakult szatmári dinasztia (Satmar) az erdélyi Szatmárnémetiből ered. A város 1918-ig, majd 1941 és 1944 között Magyarország része volt. A magyar hatóságok 1944-ben a közösséget Auschwitz-Birkenauba deportálták, ahol a nácik nagy részüket meggyilkolták. A dinasztia feje, Teitelbaum Joel, Budapesten bujkálva túlélte a vészkorszakot. 1946-ban New Yorkban újjáalakította közösségét, amely azóta is dinamikusan gyarapszik. A rabbi 1979-es halála után a dinasztia székhelyét a New York állambeli Kyrias Joel-be tette át, amelyet Teitelbaumról neveztek el. A csoport első számú nyelve mai napig a jiddis, de sokan értenek (az idősebbek beszélnek is) magyarul. A 2000-es cenzus szerint Kyrias Joel volt az az amerikai helyhatóság, amelyben a legtöbben vallották magukat magyar származásúnak az egész országban: a lakosság 18,9 százaléka számolt be magyar gyökerekről.