Márciusban Hitler megszállta Ausztriát és és így először kerültek magyar zsidók náci uralom alá. Az újabb zsidótörvények a külföldön élő zsidók egyre nagyobb körétől vonták meg az állampolgárságot, a magyar külügyi és belügyi szervek pedig egyre rigorózusabban kezelték a zsidók állampolgársági ügyeit. Ugyanakkor 1939-ben Cseh- és Morvaország és Lengyelország, 1940-ben pedig Nyugat- és Észak-Európa német megszállása nyomán magyar zsidók ezrei kerültek a zsidógyűlölő náci hatóságok hatáskörébe.
Bárhol is éltek, a magyar állampolgárságú (anyanyelvű, kötődésű) zsidóknak mindenhol komoly problémát jelentett legutolsó magyarországi tartózkodásuk igazolása. Ez először még csak az állampolgárság és ezzel a hazatérés reményének elvesztését jelenthette, 1942-től azonban deportáláshoz vezetett, azaz a halállal volt egyenlő. Bonyolította a helyzetet a különböző állampolgárságú, illetve a különböző státuszú (állampolgár, állampolgárságát vesztett, hontalan, menekült) zsidók házasságából született gyermekek tisztázatlan sorsa. Ráadásul 1938 novembere és 1941 áprilisa között Magyarország területe négy alkalommal is növekedett a szomszédos országok rovására, miközben a térségben felbomlott Csehszlovákia, Jugoszlávia és Lengyelország területén új bábállamok (Horvátország, Szlovákia), vagy német megszállás alatt álló formációk születtek (Cseh-Morva Protektorátus, lengyel Főkormányzóság). A Nyugat-Európában élő felvidéki, kárpátaljai, észak-erdélyi és bácskai zsidók eredeti otthona Magyarországhoz került. Ezrek váltak hontalanná: román, jugoszláv és csehszlovák állampolgárságuk megszűnt, a magyart viszont gyakran nem kapták meg.
A magyar kormány külföldön élő zsidókkal kapcsolatos politikája
1938-tól a magyar hatóságok egyfelől a magyar zsidók kivándorlását, másfelől a külföldi zsidók bevándorlásának megakadályozását tekintették céljuknak. Keresztes-Fischer Ferenc magyar belügyminiszter 1938-as, az útlevelek kiadását szabályzó rendelete szerint a zsidók kötelesek voltak 1935. január 1. után kiállított okiratokkal igazolni állampolgárságukat.
Később ez a dátum 1939. szeptember 1-re módosult. Ha egy igazolásáért a magyar külképviselethez forduló zsidónak 1935 előtti papírjai voltak, de németországi, vagy hollandiai lakhelyén a náci hatóságoktól nem kapott tartózkodási engedélyt, akkor nem sok reménye maradt magyar állampolgárságának elismerésére. Az 1939-es második zsidótörvény (1939:IV. tc.) már nyíltan felhatalmazta a magyar kormányt a "zsidók kivándorlásának előmozdítására". A törvény 3. paragrafusa kimondta, hogy „honosítás, házasságkötés vagy törvényesítés által zsidó magyar állampolgárságot nem szerezhet”. A belügyminiszter immár 1914-ig, azaz 25 évre visszamenőleg hatálytalaníthatta a zsidóknak honosítási indokkal megadott állampolgárságot, amennyiben az illető „…életviszonyai nem utalnak arra, hogy az ország területén maradjon”. Az állampolgárság elvesztése pedig kiterjedt a feleségre és a gyerekekre is. Ugyanez történhetett a visszacsatolt területekről származókkal, akik gyakran hiába kérelmezték saját, illetve családtagjaik (vissza)honosítását.
1941-1942-ben a nácik a megszállt nyugati területeken kötelezővé tették a sárga csillag viselését, majd megkezdődött a zsidók letartóztatása, végül pedig deportálása. Az állampolgárság hirtelen élet-halál kérdésévé vált. A németek általában a legkisebb ellenállás irányába haladtak: először a menekült német zsidók kiadatását követelték, utána a hontalanokat, majd a védtelen külföldieket vitték el. A követségektől listákat kértek a delegáló állam állampolgárságával rendelkező zsidókról. Akik egyik listán sem szerepeltek, azok hontalanként elsőként kerültek vagonokba. A külföldi állampolgárságúak sorsa változó volt: a semleges országok zsidóit megkímélték, a britek és amerikaiak különleges táborokba kerültek, az olaszok védettnek számítottak, a szlovák és horvát zsidókról saját kormányuk is lemondott. Végül az adott ország honos zsidósága következett, akiknek sorsa a helyi hatóságok, illetve az SS és a náci rendőri vezetők tárgyalásain dőlt el.
A magyar kormánnyal folytatott kétoldalú tárgyalásokon a németek elismerték, hogy megszállt területeken bevezetett jogszabályok nem vonatkoznak a magyar zsidókra. Viszont azt követelték, hogy Budapest záros határidőn belül szállítsa el a zsidókat és vagyonukat számolja fel. 1942-1943 során a magyar diplomaták számára egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy a németek megölik a deportált zsidókat. Ghyczy Jenő külügyminiszterhelyettes 1942. október 24-i leiratában mégis arról értesítette a magyar külképviseleteket, hogy „csak nagyon kevés esetben szándékozom zsidókat Magyarországra visszaengedni... a kiválogatásnál elsősorban a nemzethűség, másodsorban egyéb érdemek jöhetnek tekintetbe”. A külföldön élő magyar zsidók láthatóan tisztában voltak azzal, hogy ha vissza kívánnak térni, akkor hazafiságukat és „egyéb érdemeiket” kell hangsúlyozniuk.
Néhányuknak sikerült: egy Nobel-díjas cambridge-i professzor rokona (Teszler József), Chopin zongoraversenyt megnyerő vak zongoraművész (Ungár Imre), Horthy és a későbbi XII. Pius pápa előtt éneklő operaénekes (Medák Sári) megmenekült.
Pénzért életet
A magyar diplomácia észlelte, hogy a magyar zsidók deportálásával vagyonuk náci kézre kerül. Egy cinikus magyar külügyi jelentés ezért azt javasolta, hogy a gazdasági érdek miatt Budapestnek határozottabban kellene fellépnie a magyar zsidók érdekében: "ha a zsidóság látja, hogy a magyar állam személyüket védelembe veszi, úgy az elrejtett vagyonok tekintélyes része felszínre kerülhet, mert az életük megmentése érdekében minden áldozatra hajlandók”. Visszataszító gyakorlat alakult ki és a magyar állam lényegében pénzért árulta az életet mentő útleveleket. Listák készültek a módosabb zsidókról, és aki életben akart maradni, lakását, üzletét, gyárát a magyar állam kezelésébe adta, pénzét, ékszereit pedig letétbe helyezte a magyar külképviseleteken. A repatriált zsidók otthon pedig a hivatalos kurzusnál jóval rosszabb, uzsora árfolyamon juthattak hozzá átadott javaik ellenértékéhez.
A többség, családok ezrei eközben Európa szerte rettegve várták magyar állampolgárságuk igazolását. Sokuknak hiába voltak rendben a papírjaik, ha időközben lejárt az érvényes útlevelük. A bonyolult jogi szabályozás miatt a magyar külképviseletek legtöbbször nem tudták eldönteni, hogy a hozzájuk fordulók állampolgársága még érvényes-e. Ezért a kérelmek többségét Budapestre küldték felülvizsgálatra. A Külügymisztérium ilyenkor általában a BM-hez továbbította az ügyet és ezzel a nácik elől védelmet kereső zsidó felkészülhetett egy hónapokig, évekig tartó procedúrára. Újabb és újabb okiratokat kértek tőle, és ha valamilyen papírral nem rendelkezett, akkor az ügy elveszett az adminisztráció dzsungelében. A többségnek pedig valami papírja mindig hiányzott, hiszen évek óta távol élt hazájától és Párizsból, Antwerpenből nem igen tudta követni a magyar jogszabályok állandó változását. Akik sok helyen már a villamosra sem szállhattak fel, nem utazhattak Berlinből, vagy éppen Nápolyból Erdélybe egy anyakönyvi kivonatért.
A Kállay-kormány (1942-1944) nem gettósította és deportálta a magyarországi zsidókat. Ugyanakkor a külföldön élő magyar zsidók repatriálását és védelmét nem tekintette fontos céljának. Az érdekükben tett lépések általában abban a követelésben merültek ki, hogy ne kelljen csillagot hordaniuk, ne vigyék el őket kényszermunkára, vagy „németországi munkaszolgálatra” (értsd: haláltáborokba deportálás). De a nácikkal felvállalt konfliktusok kevésbé szóltak a zsidók védelméről, mint inkább a magyar szuverenitás demonstrálásáról. Míg Szlovákia és az usztasa Horvátország lemondtak zsidó állampolgáraik védelméről (és vagyonáról), addig a magyar kormány elérte, hogy a megszállt náci Európában élő magyar zsidókat elvileg úgy kezeljék, mint a semleges államok (svájci, portugál, svéd, török stb.), és a náciktól ezen a téren élesen elütő nézeteket valló másik nagy szövetséges, Olaszország zsidóit. Az időhúzás jegyében a Kállay-kormány 1942-1943 folyamán összesen nyolc alkalommal állapodott meg a németekkel a külföldön élő magyar zsidók hazahozatalának végső határidejéről (1942. december 31., 1943, március 15., március 31., április 15., május 1., május 31., június 30., augusztus 26.) és valamennyi egyezséget megszegte. Az időhúzás azonban kevés valódi eredménnyel járt: a Nyugat-Európában élő mintegy 10 ezer magyar illetőségű zsidó közül Magyarország 1944-es német megszállásáig csupán pár száz főnek engedélyezték a hazatérést. A gyakorlatban mindez azt jelentette, hogy a zsidók évekig húzódó állampolgársági ügyeinek többségét a német rendőrség és az SS saját módszereivel „oldotta meg”: letartóztatták, deportálták, majd megölték azokat, akik nem rejtőztek el időben.