Az első magyar származású zsidókat 1942 tavaszán deportálták a nácik Auschwitzba a Szlovákiából küldött szállítmányokkal. Őket követték azok, akiket magyar állampolgársággal rendelkező zsidóként (annak elveszítése esetén hontalanként) Európa nyugati részéről deportáltak belga, holland és francia zsidókkal együtt. 1942 és 1944 áprilisa között több ezer magyar származású, születésű, anyanyelvű vagy állampolgárságú zsidót hurcoltak a nácik Auschwitzba. Túlnyomó többségüket megölték.

Magyarország 1944 máricusi német megszállása után a nácik Auschwitz-Birkenaut jelölték ki a magyar zsidóság megsemmisítésének helyszínéül. Az első két vonat április 29-én, illetve 30-án hagyta el Magyarországot a németek által letartóztatott, budapesti börtönökből, illetve a kistarcsai és bácstopolyai internálótáborokból összeszedett zsidókkal. A nácikkal kollaboráló magyar hatóságok által indított szerelvények, rajtuk a vidéki magyar zsidóság túlnyomó többségével, május 16. és július 11. között futottak be Birkenauba. Miután a magyar állam különböző megfontolások alapján felfüggesztette részvételét a deportálásokban, a németek már csak két transzport megszervezésére voltak képesek. 1944. július 22-én és 26-án a sárvári és kistarcsai internálótáborokból elhurcolt zsidók érkeztek a megsemmisítő táborba. Az Auschwitz-táborrendszerbe összesen mintegy 430 ezer magyar zsidót deportáltak.

A magyar zsidók átlagosan háromnapos, zsúfolt, lezárt marhavagonokban, gyakran étlen-szomjan töltött út után értek a Birkenauba. A vagonajtók kinyitása után a férfiaknak és nőknek külön-külön ötös sorokba kellett rendeződniük. Ezután valamennyien elvonultak egy SS-orvos előtt, aki néhány pillanat alatt eldöntötte sorsukat. A nyilvánvalóan munkaképteleneket, az öregeket és a gyerekeket azonnal félreállították. Nem egyértelmű esetben az orvos az életkor, a foglalkozás és az esetleges betegségek iránt érdeklődött. A németek csak 16 és 40 közti egészséges embereket akartak életben hagyni. A válaszokat követően egy intés, és az érintett sorsa eldőlt.

A nácik a transzportok átlagosan 20 százalékát találták munkaképesnek. A többieket néhány órán belül meggyilkolták a tábor gázkamráiban. Az életben hagyottakat a tábor legnyugatibb szélén lévő fürdőhelyiségbe, az ún. „Szaunába” hajtották, ahol hajukat és minden testszőrzetüket leborotválták. A Szaunából általában egy kijelölt blokkba vitték a rongyokba öltöztetett, kopaszra nyírt foglyokat, akiknek ezzel megkezdődött lágeréletük. Bár a tömegtranszportok kezdetekor a németek még igyekeztek regisztrálni és tetoválni a táborba érkezőket, a nyilvántartási rendszer roskadozott a túlterheléstől, több tízezer magyart egyáltalán nem tetováltak. Több ezer munkaképes magyar zsidót azonnal más koncentrációs és munkatáborokba szállítottak. Sokan kerültek az auschwitzi érdekszféra területén működő kisebb altáborokba, ahol a foglyok rabszolgamunkát végeztek. Kisebb csoportokat az auschwitzi főtáborban helyeztek el. A Birkenauban maradt több tízezer magyar zsidó nagy részét a tábor egy félkész, víz és csatornázás nélküli részlegében helyezték el.

A munkaképes magyar zsidók nagy többsége heteken keresztül nem dolgozott, napjaikat az órákig tartó kimerítő létszámellenőrzések (ún. Appell) töltötték ki. Ha az Auschwitz-komplexumban vagy a Birodalom valamely más táborában dolgos kezekre volt szükség, az igényelt számú foglyot kiválasztották, tetoválták, és a munkahelyre szállították. A rossz körülmények és az éhezés miatt azonban sokan hamar végletesen legyengültek, megbetegedtek. Őket a heti rendszerességgel tartott szelekciók során szűrték ki. Ilyenkor meztelenül kellett elvonulniuk az SS-orvos előtt, aki a munkaképteleneket félreállította. A szelekció áldozatait teherautókkal a krematóriumokhoz vitték, és elgázosították. A kisebb csoportokra a takarékoskodó nácik nem “pazaroltak” gázt: őket az égetőkemencék melletti kivégzőteremben tarkón lőtték.

A foglyok életkörülményei az appelltől eltekintve is katasztrofálisak voltak. A mocskos barakkokban elviselhetetlen zsúfoltság uralkodott, egy-egy priccsen 11-15 ember is összepréselődött. A foglyokat mindenki verte: az SS-őrök, az SS-felügyelőnők, a női és férfi fogolyfunkcionáriusok. A legkisebb vétség is (késés az appellről, kiszökés a latrinába) a legbrutálisabb bántalmazást eredményezte. A munka is csak időlegesen jelentett menekülést a halál elől. A térségébe települt 200 kisebb-nagyobb cég gyáraiban, bányáiban a foglyok napi 10–14 órát dolgoztak iszonyú munkakörülmények között. Az auschwitzi főtábor kapujának cinikus felirata (“Arbeit macht frei – A munka szabaddá tesz”) azt sugallta, hogy a munka révén van esély a túlélésre, pedig a rabok szándékos halálra dolgoztatása szervesen illeszkedett a kiirtási programba: a náci szakterminológia szerint ez volt “a munka által történő megsemmisítés”.

Sok fogoly áltudományos orvosi kísérletek áldozatává vált. A korlátlanul rendelkezésre álló és minden következmény nélkül megölhető foglyok százezrei sok orvost bűnös tevékenységre csábítottak. A bármilyen emberiességi szempontot nélkülőző nőgyógyászati, sterlizációs és röntgenkísérletek, ikreken végrehajtott fájdalmas beavatkozások sok száz embert öltek vagy nyomorítottak meg.

1944/45 fordulóján, a front közeledtével megkezdődött az Auschwitz-komplexum evakuálása. Több tízezer foglyot szállítottak más, a Birodalom belsejében lévő táborokba. A legtöbben Buchenwaldba, Mauthausenbe, Bergen-Belsenbe és a ravensbrücki női lágerbe kerültek. Az utolsó általános létszámellenőrzést 1945. január 17-én tartották 67 ezer fogollyal. A következő néhány napban többségüket gyalogmenetben elhajtották a táborból. A legyengült, kiéhezett foglyok százával hullottak el a behavazott utakon. A lemaradókat a nácik agyonlőtték. Mások heteken keresztül víz és élelem nélkül tengődtek a halálvonatokká váló szerelvények fűtetlen vagonjaiban, mire valamelyik tábor hajlandó volt őket fogadni. Az Auschwitz-komplexumot és az ott maradt, hétezer, szörnyű állapotban lévő foglyot (köztük több száz magyart) a szovjet hadsereg szabadította fel 1945. január 27-én. Auschwitz utolsó magyar áldozatai 1945 tavaszán, a tábor-komplexum felszabadulása után haltak bele a kimerültségbe és a betegségekbe. Auschwitz–Birkenauban nincsenek sírok, mégis ez a magyar és a világtörténelem legnagyobb temetője.